「管制藥品」係指成癮性麻醉藥品、影響精神藥品及其他認為有加強管理必要之藥品，與毒品為一體兩面之關係，依管制藥品管理條例規定，管制藥品限供醫藥及科學上之需用。為防止合法醫藥及科學需用之管制藥品遭流用為毒品，衛生福利部食品藥物管理署建構「分級管理」、「證照制度」及「流向管理」等三大策略，強化各環節之管理機制。
依據管制藥品之習慣性、依賴性、濫用性及社會危害性，將管制藥品分為第一級至第四級管理，級數越低表示其依賴性及濫用性越高。其中第一級及第二級管制藥品，其製造、輸出、輸入及販賣僅限由食藥署之製藥工廠為之，並另訂定運輸、每年購買數量上限及禁止借貸、轉讓等相關規範，以強化高風險管制藥品之管控。
凡從事管制藥品相關業務者，包含製造、輸出、輸入、運輸、販賣、調劑或使用，均須事前取得中央衛生主管機關核發之證照或核准文件。機構業者每日亦須於簿冊詳實登載管制藥品之收支、銷燬、減損及結存情形，並定期向主管機關辦理申報。
透過管制藥品上游供應端與下游購用端之申報資料進行雙向勾稽查核，並配合各地方衛生局進行實地稽核，層層把關，確保管制藥品從源頭、流通至使用或調劑前各階段均可追溯其流向，以有效防止管制藥品遭流用為毒品。倘發現流向異常，將即時移送檢調機關依法偵辦，以完善管制藥品之管理。